Na fakultě působí několik unikátních pracovišť podporujících vědeckou činnost a výchovu mladých vědeckých pracovníků.
Školní jaderný reaktor VR-2
Jedná se o podkritický soubor řízený neutronovým generátorem. Vychází z bazénového uspořádání reaktorové nádoby, ve které se také nachází vnitřní vestavba s palivovými proutky tvořící aktivní zónu. Moderátorem je demineralizovaná voda. Projekt podkritického reaktoru VR-2 byl kompletně zajištěn Fakultou jadernou fyzikálně inženýrskou ČVUT v Praze.