Fakultu řídí samosprávné orgány v čele s děkanem - vedení a kolegium děkana. Dalšími samosprávnými akademickými orgány jsou Akademický senát, Vědecká rada a Disciplinární komise.
Vedení fakulty
Členy vedení jsou: děkan, proděkani, tajemník a předseda akademického senátu FJFI.
Kolegium děkana
Kolegium děkana tvoří členové vedení FJFI, vedoucí kateder a zástupci akademického senátu.
Akademický senát
Akademický senát fakulty je samosprávný zastupitelský orgán, který zřizuje zákon o vysokých školách. Jeho členy volí ze svých řad akademická obec (tedy studenti i pedagogové).
Vědecká rada
Projednává dlouhodobý záměr fakulty a schvaluje studijní programy a také se věnuje habilitačnímu řízení a řízení ke jmenování profesorů.
Disciplinární komise
Disciplinární komise projednává disciplinární přestupky studentů. Členy disciplinární komise jmenuje děkan a schvaluje je akademický senát fakulty.
Ombudsman
Ombudsman zajištuje ochranu práv a dodržování základních norem slušného chování všem zaměstnancům a studentům fakulty.
Správní rada FPNS
Zajišťuje agendu fondu pro nadané studenty, nakládání s prostředky a způsoby podpory aktivit.